第一章 DNA合成
一些单词
semiconservative:半保留
semidiscontinuous:半不连续性
DNApolymerase1,3:DNA聚合酶
helicase DnaB:解旋酶（解DNA双螺旋），DnaB是大肠杆菌12中解旋酶中在复制中其主要作用的。
Topoisomerase and Gyrase:拓扑异构酶和旋转酶（2型的拓扑异构酶）
single strand DNA binding protein:单链结合蛋白SSB跟DNA结合起到保护作用
primase and primosome：引物酶和引发体（引物酶解旋酶和蛋白质等组成）
DnaG:大肠杆菌中的一种引物酶
DNA ligase:DNA连接酶
3,5-phosphodiester bond：磷酸二酯键
exonuclease：核酸外切酶
DnaA,DnaC,OriC:DnaA识别起始DNA序列，并在特定位点打开DNA双螺旋
DnaB解旋酶使双链解链
DNAC装载DnaB帮助其与起始位点结合。
IHF：诱导DNA弯曲
replicon:复制子
replisome:复制体
deamination:脱氨基作用
transition：过渡
transversion:颠换
insertion:插入
deletion:删除
Direact repair:双向复制
photolyase:光解
methyltransferase:甲基转移酶
excision repair:切除修复
nucleotide excision repair:核苷酸切除修复
base excision repair:剪辑切除修复
AP:apurinic:嘌呤
Abasic site:无碱基位点
DNA glycosylase:DNA糖基化酶
AP endonuclease:AP核酸外切酶
mismatch repair:错配修复
recombination repair:重组修复
DNA复制
中心法则：central dogma
复制特点
半保留性 五撇到三撇复制 半不连续性
复制体系
最重要的是聚合酶：
在复制里主要讲聚合酶1和3、其他的比如2是参与损伤DNA修复的、45是参与SOS修复的。当然1也是主要的修复酶。
聚合酶3：10个亚基组成，其中α具有5-3聚合酶活性、ε具有3-5外切活性、θ亚基具有刺激ε3-5核酸外切酶活性这三个单体组成核心酶。记住是两个活性
聚合酶1：C端大片段KF具有5-3聚合酶活性和3-5外切活性、N端具有5-3外切活性
聚合酶1负责RNA引物切除和空隙的填补
DNA连接酶：3-5聚合酶活性
DNA复制起始
以大肠杆菌为例
oriC：
13nt共有序列-GATCTNTTNTTTT-富含T有利于解链
9nt共有序列-TTATCCACA-
参与起始的蛋白质为DnaA,B,C ，HU,IHF,拓扑异构酶、SSB。
θ型复制是DNA在复制原点解开成单链状态的复制，其分别作为模板，各自合成其互补链，出现两个叉子状的生长点，也叫做复制叉。原核生物、双向等速复制
DNA复制延伸
冈崎片段：原核1000nt、真核100-200nt
复制体模型replisome
半不连续性
DNA复制终止
ter位点逆时针终止组TerA,D,E,H,I
顺时针终止组TerB,C,F,G,J
跟Ter结合的蛋白叫TUS，是解旋酶的抑制剂。无法解旋，终止。
DNA复制的准确性fidelity
误差大概为10的-10到10的-8
因素有
1.核糖核苷二磷酸还原酶的调节作用
2.DNA聚合酶的构象变化
3.DNA聚合酶13的3-5外切活性
4.RNA引物
5.修复酶的作用
逆转录
逆转录酶的功能
1.rna-depending DNA pol
2.Rnase H,能从3-5或5-3专一性催化杂合链中RNA链的水解。
3.DNA depending DNA pol 以杂交链中的DNA为模板再合成互补DNA
PCR
变性退火延伸
DNA损伤修复
direct repair
将受损伤的DNA碱基恢复为正常碱基如光活化等
EXcision repair
将DNA损伤的部分切除再以另一条链为模板合成正确的链。用到了内切酶、解旋酶、pol,ligase
分两种方式，碱基切除和核苷酸切除，
碱基切除用DNA糖基化酶DNA glycosylase,把糖苷键切断，除去碱基形成AP位点，AP位点再被AP内切酶识别切割，接着就正常操作了
mismatch repair
细菌借助板甲基化来识别新旧链，Dam甲基化酶，出现错配时，将未来得及甲基化的新链水解。
出现的蛋白有MutS,L,H
recombination repair
RecA蛋白，以前导链为模板重组继续复制，没有去除错误
SOS response
转换transition
颠换transversion嘌呤变嘧啶
删除，插入是移码突变因为阅读框变了
